Vanaf het tijdstip van in gebruik nemen van de kerk in 1984 tot 1 juni 1994, een periode van ongeveer tien jaar werd er gebruik gemaakt van een elektronisch Heyligers orgel. In januari 1990 maakte Cees van der Pol een plan om zelf een orgel te gaan bouwen. Na overleg kon hij beginnen met bouwen. In april 1990 werd het eerste register gekocht van de orgelcommissie van de Gereformeerde Kerk in Pernis. Uit dit contact volgde de aanschaf van een gedeeltelijk huispijporgel. Er werd ook een begin gemaakt met het bouwen van een orgel. Op locatie is er verder gebouwd tot oktober 1991. De ruimte waar gebouwd werd aan het orgel bleek toen te klein en bovendien te vochtig. Een nieuwe ruimte werd gevonden in het kerkgebouw van de Chr. Ger. Kerk te Rotterdam/West en wel op de galerij, die al jaren niet meer gebruikt werd. Maar het reizen van Spijkenisse naar Rotterdam en weer terug was uiteindelijk de reden om in augustus 1993 het geheel naar “De Ark” te verplaatsen en daar het orgel af te bouwen. Op 1 juni 1994 werd het orgel in gebruik genomen.

In 2007 gaven steeds meer gemeenteleden aan dat het tijd werd iets aan het orgel te doen, omdat de klanken niet echt welluidend meer waren. Er werd besloten om het orgel te laten restaureren. Orgelbouwer Nijsse & Zn heeft op 2 en 3 mei 2007 het orgel gedemonteerd en in zijn geheel vervoerd naar zijn werkplaats in Oud-Sabbinge. Op 15 december 2007 werd het gerenoveerde orgel opnieuw in gebruik genomen waarbij Gerben Mourik een concert gaf.